При ввозе ставка нулевая, а при доставке по стране – 18%
Когда российская фирма оказывает услуги по организации перевозки товаров, ввозимых на территорию РФ с территории другой страны, то она применяет нулевую ставку НДС. Причем всегда, независимо от таможенных режимов, под которые такие товары помещаются.
А вот услуги по организации перевозки таких товаров между двумя пунктами, находящимися на территории РФ, оказываемые по самостоятельному договору, облагаются НДС по ставке 18 процентов (
Письмо Минфина от 14 января 2010 г. N 03-07-08/05).
Российский налоговый портал.