Местом реализации услуг по предоставлению прав на использование торговых марок или знаков по лицензионным договорам, оказываемых иностранным лицом российской организации, признается территория РФ. Если же в обеспечение своих обязательств по такому договору российская организация уплачивает продавцу денежные средства, которые в дальнейшем засчитываются в счет оплаты услуг по этому договору, то Минфин трактует это как предварительную оплату услуг. Поэтому вместе с перечислением такой предоплаты нерезиденту следует уплатить с ее суммы в бюджет НДС.
Этот НДС принимается к вычету на основании счетов-фактур после принятия на учет услуг по лицензионному договору, но только в случае использования этих услуг для осуществления облагаемых НДС операций. А в случае возврата денег иностранным лицом в связи с отказом от заключения лицензионного договора, уже уплаченный в бюджет НДС тоже принимается к вычету (
Письмо Минфина от 20 ноября 2009 г. N 03-07-08/238).
Российский налоговый портал.